BİLDİRİLER

BİLDİRİ DETAY

Şeyma DOĞRU, Volkan ALTUNTAŞ
DNA DİZİLERİNİN SINIFLANDIRILMASINDA META-SEZGİSEL ALGORİTMALAR İLE YENİ BİR YAKLAŞIM
 
DNA’nın keşfi ile biyoinformatik alanında önemli bir sorun ortaya çıkmıştır. Bu sorun DNA dizilerinin doğru bir şekilde nasıl sınıflandırılacağıdır. Büyük boyutlu ve tahmin edilmesi zor verilerde, önceden belirlenmesi gereken k küme sayısı metriği zorluk çıkarmaktadır. Aynı zamanda hesaplamalı biyolojide, işlevselliği koruyan ve bu sekanstaki bazların hem dağılımını hem de bileşimini temsil eden bir benzerlik ölçüsü bulmak ana zorluklardan biri olmuştur. Bu konuda yapılan çalışmalarda öncelikle bir makine öğrenmesi algoritması olan K-Means algoritması kullanılmıştır. Ancak K-Means algoritması, bazı koşullar altında yerel minimum noktasına yakınsamakta ve gürültülere karşı çok hassas davranmaktadır. Ayrıca önceden belirlenmesi gereken k küme sayısı da doğru kararı verme açısından kullanıcıya zorluk çıkartmaktadır. Bu sorunlar çerçevesinde Metasezgisel algoritmalar gün yüzüne çıkmıştır. Literatürde PCNN, Genetik Algoritma ve Bat Algoritmasının eHOMD veri seti üzerinde kullanıldığı hibrit çalışmalar bulunmaktadır. Keşif algoritması olarak Genetik Algoritma ve sömürü algoritması olarak Bat Algoritması kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlarda bu algoritma en optimum küme sayısını bulmakta ve DNA’ları aynı anda bu kümelere sınıflandırmaktadır. Bu çalışmada hibrit algoritmaların iyileştirilmesi amacı ile Meyve Sineği Optimizasyon Algoritması probleme uyarlanmıştır. Meyve sinekleri uzak mesafelerden koku güçleri sayesinde besinlerini bulmaktalardır. Meyve Sineği Algoritması da bu temele dayanarak oluşturulmuş bir Metasezgisel algoritmadır. Herhangi bir parametre girişi gerektirmez. Yapılan çalışmalarda başarılı sonuçlar veren bir algoritma olduğu saptanmıştır. Oluşan bu yeni hibrit algoritmanın davranışları eHOMD veri seti üzerinde incelenmiş ve Bat Algoritması kullanılarak yapılan çalışmayla bir karşılaştırma yapılmıştır.

Anahtar Kelimeler: DNA Dizisi, Metasezgisel Algoritma, Bat Algoritması, Meyve Sineği Optimizasyon Algoritması, Genetik Algoritma, Sınıflandırma



 


Keywords: